Supongamos que tenemos la siguiente estructura en una tabla sql

id   name   1    AAA 2    BBB 3    BBB 4    BBB 5    AAA 6    CCC  select count(name) c from tbl group by name having c >1

 al ejecutar esta query obtendremos el siguiente resultado:

AAA(2)  duplicate BBB(3)  duplicate CCC(1)  not duplicate

 Los nombres que son duplicados son AAA y BBB. Supongamos que el resultado inal que necesitamos es el total de duplicados en esa tabla en este caso seria 2 (AAA y BBB) para lograr este resultado debemos ejecutra la siguiente query

 SELECT count(*) AS duplicate_count FROM (  SELECT name FROM tbl  GROUP BY name HAVING COUNT(name) > 1 ) AS t  

Esta query lo que hace es hacer un count de los resultados de la query interna.